Sciences & Techniques

  • L'homéopathie trône dans les vitrines des pharmacies et côtoie dans nos foyers les vrais médicaments, des publicités en vantent les bienfaits, des politiciens, des sportifs, des célébrités la défendent avec ardeur. Des médecins la célèbrent. Présente depuis plus de deux cents ans, utilisée par des millions de gens, elle semble aller de soi. Mais la connaissez-vous vraiment ? Comment a-t-elle été inventée ? Sur quels principes théoriques repose-t-elle ? Comment les célèbres granules sont-ils fabriqués ? Comment mesure-t-on leur efficacité ? Que dit la science de ses effets revendiqués ? Comment les homéopathes répondent-ils aux critiques ? Comment les médias traitent-ils le sujet ? Que disent les autorités de santé de cette pratique aux relents idéologiques des plus détestables qui pourtant se veut une panacée parée de toutes les vertus ? Ne pas savoir répondre à ces questions, c'est ne rien savoir sur l'homéopathie. Thomas C. Durand explore dans ce livre les arcanes nébuleux d'une industrie prospère et d'un mode de pensée inquiétant.
    Thomas C. Durand est docteur en biologie. Après un passage dans le monde de la recherche, il co-fonde l'Association pour la science et la transmission de l'esprit critique, dédiée à faire connaître les défaillances du raisonnement humain qui rendent nécessaire l'acquisition d'une méthode d'exploration du monde : la science. Il est l'auteur de la chaîne YouTube La Tronche en Biais, suivie par plus de 130 000 abonnés.
    Préface de Edzard Ernst.

  • Face à l'irruption de la Covid-19, ont surgi des demandes urgentes de prédire, d'expliquer et de faire comprendre sa diffusion aussi bien géographique que sociale, notamment lorsqu'il s'agissait de soutenir telle ou telle décision politique ou de santé publique (distanciations, confinement, etc.). Plusieurs modèles computationnels - en particulier à agents - ont été bien vite mis en avant. Mais dans quelle mesure sont-ils réellement à même de remplir de telles fonctions, en particulier dans un contexte aussi contraint et variable?? Ce livre propose un ensemble d'analyses précieuses et salutaires pour qui voudra former son jugement à ce sujet. Il s'appuie sur des exemples et des analyses de plusieurs modèles de diffusion de la Covid-19, dont certains ont été utilisés par les pouvoirs publics. Il propose aussi des modèles alternatifs, dont certains inédits. Il s'adresse à un large lectorat. Les analyses techniques y sont effectuées avec beaucoup de pédagogie, sans sacrifier à la précision. Elles peuvent donc intéresser les concepteurs et utilisateurs de modèles, les étudiants, les élus, les associations concernées et tout citoyen soucieux de comprendre ces outils omniprésents. Au-delà du cas de la Covid-19, on y trouve une mise en perspective et une discussion plus générale concernant l'usage des modèles formels en sciences sociales, en particulier dans le cadre de l'aide à la décision publique. Analysant le contexte de la crise que l'on traverse, les auteurs évitent de donner un point de vue personnel, mais au contraire tentent d'aider chacun à avancer dans sa propre réflexion, en mettant en avant les questionnements qui peuvent s'adosser aux modèles présentés.
    L'ouvrage comprend deux parties?: l'une qui propose une analyse critique de modèles existants, l'autre prenant la forme de trois propositions de modèles qui permettent de percevoir la richesse et la multiplicité des modèles agents de diffusion de maladie - à la fois dans leur conception et leur manipulation. Un glossaire et un intermède sur les «?apports des modèles agents en général et pour la Covid-19 en particulier?» replacent ces réflexions dans le cadre plus large de la simulation agents appliquée aux sciences sociales.

  • Peut-on voir le vivant microscopique autrement qu'à travers le prisme de la lutte perpétuelle contre un monde principalement hostile qu'il faut vaincre pour assurer sa survie?? Telle est la question que la science soulève à la lumière des nouvelles connaissances.
    Les recherches les plus récentes montrent en effet que les virus, bactéries, archées, protozoaires, micro-algues ou champignons sont essentiels pour comprendre comment s'est construit le vivant et prendre la mesure de sa complexité, comment il s'est propagé sur Terre, comment il fonctionne, de l'organisme à l'écosystème. Ces recherches révèlent également le potentiel que les micro-organismes représentent en termes d'utilisations bio-inspirées pour le futur de l'humanité et de la biosphère.
    Cette partie de la biodiversité, si loin de nous mais si présente, est une solution et non un problème. C'est ce nouveau regard que le livre invite à porter sur ce qu'il convient d'appeler la microbiodiversité...
    Ouvrage dirigé par Laurent Palka, enseignant-chercheur au Muséum national d'histoire naturelle, et préfacé par Bruno David, président du Muséum national d'histoire naturelle.
    Avec les contributions de?: Sina Adl, Frédéric Barrière, Nathalie Becker, Lucie Bittner, Bernard Bodo, Alyssa Carré-Mlouka, Samuel Chaffron, Claire Cherbuy, Unai Escribano-Vazquez, Damien Eveillard, Thomas Flinois, Patrick Forterre, Morgan Gaïa, Muriel Gugger, Lionel Guidi, Philippe Langella, Enrique Lara, Jacques Livage, Josselin Lupette, Éric Maréchal, Lionel Ranjard, Bruno de Reviers, Marc-André Selosse, Muriel Thomas.

  • Les arbres évolutifs, ou phylogénies, racontent une histoire, l'histoire des êtres vivants, de leur morphologie et de leurs gènes, mais aussi, l'histoire des langues, des textes, des faits culturels ou même des idées. Ces arbres sont avant tout des hypothèses sur les liens de parentés qui exigent réflexions à la fois sur les faits et sur les méthodes. Ce livre définit les concepts fondamentaux de la reconstruction phylogénétique. Il explique la nature et la diversité des approches pratiquées depuis leurs balbutiements au XIXe siècle jusqu'à nos jours. Il insiste, de manière pédagogique et aussi objectivement que possible, sur leurs performances et leurs limites, en fonction de la nature des données étudiées.
    Cet ouvrage constitue une version largement augmentée de La Reconstruction phylogénétique. Concepts et méthodes publié en 1993 dans la collection « Biologique théorique » des éditions Masson. Il tient donc compte des méthodes et débats qui ont marqué l'évolution rapide de la discipline ces vingt-cinq dernières années.
    Il s'adresse aux étudiants des 1er, 2e et 3e cycles et aux chercheurs non spécialistes de phylogénie mais désireux de connaître l'état actuel de la question.


  • [Table des matières]


    Introduction (page 3) Le bayésianisme :
    éléments de définition et mutations récentes
    Isabelle Drouet
    1] Caractérisation du bayésianisme
    1.1] Croyances considérées de manière synchronique
    1.2] Dynamique des croyances
    1.3] Raisonnement scientifique
    2] Les arguments bayésiens classiques
    2.1] Justifications du bayésianisme
    2.2] Réponses à l'objection du subjectivisme
    3] Les arguments bayésiens aujourd'hui
    3.1] Variantes et extensions des arguments classiques
    3.2] Nouvelles justifications du bayésianisme
    4] Conclusion
    Remerciements
    Partie 1
    Le bayésianisme comme interprétation des probabilités et comme théorie normative
    du raisonnement
    Chapitre 1 (page 29) Bayésianisme objectif
    et principe de précaution
    Barbara Osimani & Federica Russo
    1] Le bayésianisme et le problème de l'arbitraire
    2] Bayésianisme objectif et probabilités équivoques
    3] Décision et liens causaux incertains dans
    le contexte pharmaceutique : le cas Contergan
    4] Principe de précaution et causalité
    5] Critiques du principe de précaution et prise en compte de l'inconnu
    6] Décisions pharmaceutiques et bayésianisme objectif
    7] Conclusion
    Chapitre 2 (page 53), La nature des probabilités dans
    les systèmes de raisonnement médical bayésiens
    Adrien Barton
    1] Le « bayésianisme naïf » en médecine
    1.1] La méthode bayésienne médicale générale
    1.2] L'algorithme bayésien naïf
    1.3] Le statut des probabilités dans les algorithmes bayésiens
    1.3.1] Probabilités épistémiques et propensionsionnistes
    1.3.2] La nature des probabilités dans le raisonnement
    bayésien médical
    2] Les systèmes experts médicaux
    2.1] L'appareil formel des systèmes experts et les probabilités
    2.2] Les performances des systèmes experts
    2.3] Problèmes et abandon des projets
    3] Les réseaux bayésiens médicaux
    3.1] Les réseaux bayésiens et leurs relations avec les systèmes experts
    3.2] L'obtention des valeurs numériques
    3.3] Remise en question de l'hypothèse 1
    3.4] Remise en question de l'hypothèse 2
    3.5] Obtention des valeurs numériques : conclusion
    4] Les ontologies appliquées biomédicales
    4.1] Ontologies appliquées et réseaux bayésiens
    4.2] Approche dispositionnelle des probabilités
    médicales dans les ontologies appliquées
    5] Conclusion
    Chapitre 3 (page 87) Les probabilités en théorie des jeux
    Mikaël COZIC & Bernard WALLISER
    1] Introduction
    1.1] La théorie des jeux et les probabilités
    1.2] Les interprétations des probabilités
    1.3] Les probabilités en théorie de la décision individuelle
    1.4] Plan du chapitre
    2] Probabilités sur les états de la nature
    2.1] Jeu sous forme extensive
    2.2] Les probabilités et leur révision
    2.3] L'hypothèse de l'a priori commun
    3] Probabilités sur les types des joueurs
    3.1] Formes de méconnaissance
    3.2] Construction des types
    3.3] Jeu bayésien
    4] Probabilités sur les actions des joueurs
    4.1] Méconnaissance des actions passées
    4.2] Probabilités sur les actions passées
    4.3] Méconnaissance des actions futures
    4.4] Justifications des stratégies mixtes
    5] Probabilités en théorie des jeux épistémique
    5.1] Principes
    5.2] Équilibres associés
    6] Probabilités en théorie des jeux évolutionniste
    6.1] Processus d'apprentissage
    6.2] Processus d'apprentissage « agentiel »
    6.3] Processus évolutionnaire « populationnel »
    7] Conclusions
    Chapitre 4 (page 113), épistémologie sociale et épistémologie bayésienne. La vie sociale des bayésiens
    Denis BONNAY & Mikaël COZIC
    0] Introduction
    0.1] Épistémologie bayésienne et épistémologie sociale
    0.2] Agrégation, délibération et révision
    1] Théories de l'agrégation probabiliste
    1.1] Préliminaires
    1.2] Moyennes et axiomes
    1.3] Indépendance probabiliste, conditionnalisation
    et moyenne géométrique
    1.4] Discussion
    1.4.1] La question de l'allocation des poids
    1.4.2] Indépendance et localité
    1.4.3] Agrégation probabiliste et agrégation des jugements
    2] Théories de la révision sociale
    2.1] Le modèle DLW
    2.2] Conditionnalisation et probabilités d'ordre supérieur
    2.3] Discussion des modèles de révision sociale
    3] Agréger et réviser : quand et pour quoi faire
    3.1] Variété de l'agrégation
    3.2] Agréger ou réviser ?
    3.2.1] La contrainte par horizon de consensus
    3.2.2] Agrégation consultative, révision et déférence
    4] Conclusion
    Partie 2
    L'approche bayésienne en statistiques
    Chapitre 5 (page 167) Bayésianisme versus fréquentisme
    en inférence statistique
    Jan Sprenger
    1] L'inférence bayésienne
    2] Le fréquentisme : principes et tests de signification
    3] Le fréquentisme : les valeurs-p
    3.1] L'erreur de la négligence du taux de base
    3.2] Valeur-p et mesures de soutien bayésiennes
    3.3] La plupart des résultats publiés sont-ils faux ?
    3.4] Les intervalles de confiance
    4] Principes de vraisemblance et de règle d'arrêt
    5] Discussion : la recherche de l'objectivité
    6] Conclusion
    Chapitre 6 (page 193) Pourquoi les méthodes bayésiennes sont-elles si peu utilisées dans les publications expérimentales ? Les pratiques actuelles réexaminées à partir des conceptions des fondateurs de l'inférence statistique
    Bruno LECOUTRE
    1] Trois définitions des tests statistiques
    1.1] Le test de signification de Fisher
    1.2] Le test d'hypothèses de Neyman-Pearson
    1.3] Le test de signification bayésien de Jeffreys
    2] Les utilisateurs face à la norme
    2.1] La réglementation statistique pour les essais cliniques
    2.2] Les normes de publication en psychologie
    2.3] Un cercle vicieux
    2.4] On n'échappe pas au fréquentisme
    2.5] L'interprétation bayésienne naïve des procédures fréquentistes
    2.6] En conclusion de la section
    3] Prendre des décisions ou apprendre des données et de l'expérience ?
    3.1] Neyman-Pearson :
    des décisions vues comme un comportement inductif
    3.2] Fisher : apprendre à partir des données expérimentales
    3.3] Jeffreys : une méthodologie générale
    pour apprendre des données et de l'expérience
    3.4] En conclusion de la section
    4] Le rôle des probabilités bayésiennes
    4.1] Jeffreys : bayésien déclaré
    4.2] Fisher : l'approche fiduciaire
    4.3] Neyman : priorité au fréquentisme
    4.4] En conclusion de la section
    5] Jeffreys et le rôle de l'inférence statistique
    dans la recherche expérimentale
    5.1] Estimation et tests de signification
    5.2] La réponse de Jeffreys aux questions
    posées par l'analyse des données expérimentales
    5.3] Fisher et Jeffreys réconciliés ?
    5.4] La conception de Student
    5.5] Le test bayésien de Jaynes
    5.6] En conclusion de la section
    6] Conclusion générale
    Chapitre 7 (page 221) Des spécificités de l'approche bayésienne et de ses justifications en statistique inférentielle
    Christian P. Robert
    1] Un peu d'histoire sur le développement du raisonnement
    bayésien, des origines à la quasi-extinction post-kolmogorienne,
    et au renouvellement modélisateur
    1.1] Des probabilités inverses comme définition de la statistique
    1.2] Des notions d'a priori et d'a posteriori,
    et sur l'illusion des paramètres aléatoires
    1.3] Une justification par le principe de vraisemblance
    2] Sur la construction des lois a priori,
    sur leur calibration et des réponses aux critiques afférentes
    2.1] Des lois conjuguées comme
    éléments de base de la modélisation a priori
    2.2] Sur les lois de Jeffreys et de
    l'impossibilité de trouver la loi la moins informative
    2.3] Sur l'utilisation de lois en dimension infinie
    et de l'apparition de restaurants ethniques
    3] De la mise en oeuvre des principes bayésiens
    3.1] De la loi a posteriori comme pivot de l'inférence
    3.2] De l'évaluation des procédures par des
    fonctions de coût et de la dualité avec les lois a priori
    3.3] De la spécificité des tests en inférence bayésienne, de l'opposition aux p-values, et de deux versions du paradoxe de Lindley
    4] Conclusion
    Partie 3
    Le bayésianisme à l'oeuvre
    dans les sciences empiriques
    Chapitre 8 (page 245) Le choix bayésien pour évaluer
    les risques alimentaires microbiologiques
    Isabelle Albert
    1] Le choix bayésien
    1.1] De l'utilité des réseaux bayésiens
    1.2] De l'utilité de l'inférence bayésienne
    1.2.1] Pour prendre en compte des données de santé humaine
    1.2.2] Pour faire de la statistique sur des modèles complexes
    1.2.3] Pour faire de la statistique sur de petits échantillons
    1.2.4] En présence de données manquantes ou censurées
    1.2.5] En présence de données hétérogènes
    1.3] De l'utilité de la synthèse d'évidences bayésienne
    1.3.1] Pour tenir compte au mieux de l'incertitude liée aux données
    1.3.2] Vers une validation du modèle et des données
    1.4] De l'utilité des lois a priori
    1.4.1] Pour prendre en compte l'expertise
    1.4.2] Vers une approche « suprabayésienne »
    2] Conclusion
    Chapitre 9 (page 263) Méthodes bayésiennes
    dans l'étude du climat
    Anouk Barberousse
    1] Principaux domaines recourant aux
    méthodes bayésiennes dans l'étude du climat
    1.1] Quelques caractéristiques de l'étude du climat
    1.2] Détection et attribution du changement climatique
    1.3] Estimation de la sensibilité du climat
    à l'augmentation du CO2 dans l'atmosphère
    1.4] Projections probabilistes de l'évolution du
    climat à l'échelle régionale et évaluation des incertitudes
    1.4.1] Le choix des climatologues britanniques
    1.4.2] L'étude de la sensibilité des prédictions
    2] Arguments en faveur de l'approche
    bayésienne dans l'étude du climat
    2.1] Arguments spécialisés en faveur de l'utilisation
    des méthodes bayésiennes dans l'étude du climat
    2.1.1] Intégration d'informations multiples
    2.1.2] Une meilleure prise en compte des incertitudes
    2.1.3] L'argument de la transparence
    2.2] Les méthodes bayésiennes dans les rapports du Giec
    2.3] L'argument pragmatique
    3] Conclusion
    Chapitre 10 (page 291) Inférence bayésienne en phylogénie
    et en génétique évolutive
    Nicolas Lartillot
    Introduction] La génétique évolutive et ses défis
    1] L'inférence probabiliste et ses déclinaisons
    1.1] L'inférence probabiliste
    1.2] Maximum de vraisemblance et inférence bayésienne
    2] Quel cadre interprétatif pour les probabilités bayésiennes ?
    3] Un outil flexible pour modéliser les phénomènes
    3.1] Monte Carlo
    3.2] Intégrer l'incertitude
    4] Un exemple : modèle de réconciliation gènes-espèces
    5] Vers une modélisation intégrative
    6] Conclusion
    Chapitre 11 (page 317) Incertitude de mesure et probabilités :
    la confrontation des approches fréquentiste et bayésienne en métrologie
    Fabien Grégis & Nadine de Courtenay
    1] Erreurs de mesure et incertitude de mesure
    1.1] Le GUM et la mission d'uniformisation du calcul des incertitudes
    1.2] Variabilité des données issues de
    l'expérience et hypothèse des erreurs de mesure
    1.3] Deux composantes de l'erreur de mesure
    1.4] De l'identification des erreurs
    de mesure au calcul de l'incertitude de mesure
    1.5] Équation du mesurande et fonction de mesure
    2] Traitement statistique des données expérimentales :
    approche fréquentiste, approche bayésienne
    2.1] Approche fréquentiste
    2.1.1] Traitement fréquentiste des erreurs aléatoires
    2.1.2] Estimateurs statistiques
    2.1.3] Niveau de confiance et intervalle de confiance
    2.1.4] Prise en compte des erreurs
    systématiques et formulation du résultat final
    2.2] Approche bayésienne
    2.2.1] De l'approche fréquentiste à l'approche hybride du GUM
    2.2.2] Traitement bayésien des
    erreurs systématiques : méthodes de « type B »
    2.2.3] Extension de l'approche du GUM :
    traitement bayésien des erreurs aléatoires
    2.2.4] Formulation du résultat final
    3] Discussion
    3.1] L'approche bayésienne,
    une solution épistémique au problème des erreurs systématiques
    3.1.1] Signification des intervalles d'incertitude
    3.1.2] Un « tournant épistémique » en métrologie
    3.2] Extension du modèle classique :
    priorité du social sur l'épistémique
    3.2.1] Une approche fréquentiste élargie
    3.2.2] Dimension sociale de l'approche fréquentiste élargie
    3.2.3] Du tournant épistémique au
    tournant social : le problème de la dépendance épistémique
    3.2.4] Quels enseignements tirer de l'approche fréquentiste élargie ?
    4] Conclusion
    Partie 4
    Portée du bayésianisme
    Chapitre 12 (page 392) Le cerveau est-il une machine bayésienne ?
    Peggy Seriès
    1] Bayes et la psychophysique sensorielle
    1.1] L'intégration sensorielle comme « preuve » du calcul bayésien
    1.2] Quelles sont les distributions de
    probabilités a priori du système perceptif ?
    1.2.1] Mesure chez le sujet individuel
    1.2.2] Distributions a priori et statistiques naturelles
    1.3] Prise de décision et psychiatrie computationnelle
    1.3.1] Psychiatrie computationnelle
    1.3.2] Le succès de modèles bayésiens
    2] Substrat neuronal du calcul bayésien
    3] Le cerveau est-il bayésien ? Critiques et questions ouvertes
    4] Conclusion
    Chapitre 13 (page 417) Le cerveau bayésien :
    une approche évolutionniste de la cognition
    Jean Daunizeau
    1] La boucle perception-action
    1.1] La TBD pour les nuls
    1.2] L'interprétation bayésienne de la perception
    1.3] L'interprétation bayésienne du contrôle moteur
    2] Le principe de l'énergie libre
    2.1] Redondance et codage prédictif
    2.2] Homéostasie et cerveau bayésien
    3] Les fonctions cognitives supérieures
    3.1] L'interprétation bayésienne de l'attention
    3.2] Motivation, décision et apprentissage
    3.3] Langage et cognition sociale
    4] Discussion
    Chapitre 14 (page 467) Les modèles bayésiens du diagnostic médical sont-ils normatifs ou descriptifs ?
    Maël Lemoine
    Introduction] Une question sensible
    1] Modèles bayésiens en médecine, diagnostic,
    inférence diagnostique
    2] Statut normatif, descriptif et prescriptif
    des modèles bayésiens de l'inférence diagnostique
    3] Le statut prescriptif des modèles bayésiens
    de l'inférence diagnostique
    4] Le statut descriptif des modèles bayésiens
    de l'inférence diagnostique
    5] Le statut normatif des modèles bayésiens
    6] Conclusion






  • Théories, expériences, modélisations et controverses sont constitutives du développement des sciences de la nature, telles que la physique, la chimie, la biologie, ou la géologie. Cet ouvrage de philosophie défend le point de vue selon lequel l'étude de l'histoire des sciences est nécessaire pour les comprendre et pour reconnaître que les théories scientifiques sont à la fois toujours plus puissantes, mais aussi presque toutes éphémères. L'auteur soutient que des connaissances scientifiques nombreuses et de grande portée résultent de tels allers-retours, ce qui justifie pleinement la thèse du progrès scientifique.
    Une partie du livre est consacrée aux relations existantes entre les sciences de la nature et les mathématiques - celles-ci sont d'une autre essence que les premières?: leurs objets sont immatériels et intemporels. Pour cette raison, l'étroite association entre la physique et les mathématiques, mais aussi désormais entre la biologie et les mathématiques ne peut pas annihiler la distinction de nature entre elles. Le monde des mathématiques et celui des sciences naturelles demeurent à jamais distincts.
    Une idée centrale ici défendue est la suivante?: s'il y a bien progrès des connaissances scientifiques, il y a aussi et surtout accroissement de ce que les humains ignorent au sujet de la nature, de l'Univers et de la vie. Chaque découverte apporte plus de questions nouvelles que de réponses. En revanche l'intensité de notre dialogue avec la nature s'accroît spectaculairement grâce à l'activité scientifique.
    L'auteur présente enfin des arguments pour soutenir que les sciences et les techniques sont deux réalités et deux genres d'activités fondamentalement distinctes?; Albert Einstein n'est pas plus responsable de la bombe à hydrogène, que Galilée de l'artillerie, ou Darwin de l'eugénisme.

  • Une réflexion relative à la part de réalité dans les modèles scientifiques
    Les rencontres « Physique et interrogations fondamentales » (PIF) sont l'occasion pour des scientifiques de formations très différentes de confronter leurs points de vue sur un thème lié aux grandes questions de la science contemporaine. Elles se situent à un niveau permettant à un public cultivé mais non spécialisé de suivre les exposés. Elles se tiennent tous les deux ans dans le grand amphithéâtre du site François Mitterrand de la Bibliothèque nationale de France qui les coorganise avec la Société française de physique. La onzième édition de PIF a été consacrée à une mise au point sur les modèles et les simulations, omniprésents dans la pratique des sciences et techniques contemporaines comme le démontre l'éventail des contributions ici rassemblées. Alors qu'idéalement la méthode scientifique confronte théories et expériences qui s'adressent directement à l'objet étudié, les modèles complètent souvent une théorie inachevée, voire remplacent une théorie inexistante et décrivent tout ce qui est considéré comme bien connu dans un dispositif expérimental donné, pour ne laisser indéterminé que ce qui se rapporte à la question posée. La question de la part de réalité que ces modèles englobent est donc fondamentale. La simulation, qui est la méthode de choix pour résoudre des modèles trop complexes pour se prêter à un calcul exact, constitue, d'une certaine façon, une modélisation au second degré dont l'adéquation doit elle aussi être soigneusement mise à l'épreuve.
    Découvrez le recueil des contributions scientifiques issues de la onzième édition de PIF, centrée sur le thème des modèles et des simulations scientifiques.
    EXTRAIT
    Il est rare aujourd'hui de visiter un laboratoire ou un bureau d'études sans voir des chercheurs et des ingénieurs s'affairant autour de modèles ou de simulations. À tel point que l'on peut se demander, dans certains cas, ce qu'est devenu le réel. Notamment, on peut se demander ce qu'est devenue la pratique expérimentale réelle et si elle a trouvé des substituts adéquats dans les modèles et les simulations. On se doute que la réponse sera fortement nuancée. Ainsi, on peut se poser la question : n'a-t-on pas excessivement congédié le réel pour lui préférer ce qui passe le plus souvent pour sa représentation ou sa copie, à savoir le modèle ou la simulation ?
    À PROPOS DES AUTEURS
    Sous la direction de Jean-Michel Levy, physicien au Laboratoire de physique nucléaire et des hautes énergies, unité mixte de recherche des universités Paris VI, Paris VII et du CNRS, différents auteurs ont collaboré à Les modèles, possibilités et limites : Pascale Braconnot, Daniel Estévez, Philippe Huneman, Valérie Masson-Delmotte, François Sauvageot, Michel Spiro, Romain Teyssier et Franck Varenne.

  • Pour une restauration du lien entre philosophie et sciences
    La science et la philosophie, autrefois indissociables, se sont progressivement éloignées au cours du XXe siècle. Pourtant, nombreuses sont les questions scientifiques issues de la réflexion philosophique. De plus, la signification profonde des résultats obtenus par l'intermédiaire des théories scientifiques demande souvent un éclairage philosophique pour être clarifiée. Le dialogue entre scientifiques et philosophes doit donc être restauré pour le bénéfice de la connaissance au sens le plus large du terme. C'est l'objectif de cet ouvrage qui présente les riches débats entre physiciens et philosophes qui se sont tenus à l'Institut sous l'égide de l'Académie des sciences morales et politiques et du Collège de physique et de philosophie. Quelles nuances faut-il apporter au réalisme pour lui permettre de survivre? ? Existe-t-il des interactions se propageant plus vite que la lumière? ? La nature est-elle essentiellement indéterministe? ? Tels sont quelques-uns des thèmes abordés, liés aux débats - renouvelés par l'analyse des fondements de la mécanique quantique - relatifs à la notion d'un réel existant « en soi ».
    Prenez connaissance d'une série de débats qui, mêlant questions scientifiques et philosophiques, s'interrogent sur la notion de réel et les théories de la mécanique quantique.
    EXTRAIT
    Donc, ce n'est pas une conjecture : il existe des trous noirs.'t Hooft avait le premier signalé que si on avait un trou noir, ce qu'on appelle l'unitarité, c'est-à-dire la conservation de l'information, est a priori violée. Un état pur va se transformer en ce qu'on appelle un mélange, une matrice densité, ce qui est une perte d'unitarité. Tout cela est un peu technique : il faudrait y revenir dans un exposé en soi. Mais, après que Stephen Hawking a montré que, quantiquement, un trou noir « s'évaporait », les physiciens se sont demandés si ce rayonnement produisait une restitution de l'information compatible avec la mécanique quantique. La théorie des supercordes l'affirme et je crois que c'est un de ses triomphes, même si, pour l'instant, elle n'a aucune vérification expérimentale.
    À PROPOS DES AUTEURS
    Bernard d'Espagnat, après l'X et quelques années passées au CNRS avec séjours à l'étranger, contribua à la création du groupe de physique théorique du CERN (Genève) et y poursuivit des recherches sur les particules dites élémentaires. Professeur à l'Université de Paris-Orsay, il continua dans cette voie en même temps que croissait son intérêt pour les fondements conceptuels de la mécanique quantique. Hervé Zwirn, physicien et épistémologue, est directeur de recherche au CNRS. Ses travaux portent principalement sur les interprétations de la physique quantique et leurs conséquences philosophiques, sur la formalisation axiomatique des modes d'inférence et sur le comportement des systèmes complexes. Il a également proposé une modélisation des préférences en théorie de la décision faisant appel au cadre mathématique de la mécanique quantique. Sous leur direction, plusieurs auteurs ont contribué à la rédaction de cet ouvrage : Alain Aspect, Roger Balian, Michel Bitbol, Édouard Brézin, Olivier Darrigol, Alexis de Saint-Ours, Jean-Pierre Gazeau, Alexei Grinbaum, Franck Laloë, Michel Le Bellac, Catherine Pépin, Jean Petitot, Jean-Michel Raimond, Olivier Rey, Carlo Rovelli, Stéphanie Ruphy, Bertrand Saint-Sernin, Matteo Smerlak et Léna Soler.

  • «?En France je n'ai pas entendu parler d'un seul zoologiste, à l'exception de M. Gaudry (encore ne le fait-il que partiellement) qui défende mes idées. » C'est ce qu'affirme Charles Darwin en 1870.
    Ce zoologiste-là est un paléontologue, aide-naturaliste au laboratoire de paléontologie du Muséum d'histoire naturelle. C'est à partir de sa lecture en 1863 de L'Origine des espèces et de la théorie de la descendance avec modification, qu'Albert Gaudry (1827-1908) oriente sa recherche en direction de la reconstitution des filiations. Il se justifie ainsi : avant l'élucidation des causes de la modification, la paléontologie a d'abord à reconstituer la descendance au travers de l'étude des modifications. Gaudry est le premier dans l'histoire à dessiner des arbres évolutifs reliant espèces éteintes et espèces actuelles en suivant le modèle darwinien.
    La science française en général et celle du Muséum en particulier ne sont alors pas darwiniennes et pourtant dans un contexte plutôt hostile, nommé en 1872 professeur de paléontologie au Muséum, Gaudry enseigne l'évolution et conçoit l'actuelle galerie de paléontologie du Muséum, la première à illustrer les transformations des êtres vivants. Si le Muséum, à l'inverse de la Sorbonne, du Collège de France, de l'Institut Pasteur, n'est pas passé à côté de Darwin il le doit entièrement au seul Albert Gaudry. Très isolé à ses débuts, celui-ci terminera sa carrière couvert d'honneurs et président de l'Académie des sciences. Sans doute en raison de son spiritualisme et de sa relative défiance vis-à-vis de l'omnipotence de la sélection naturelle, il restera dans les marges de l'histoire des sciences.
    Cependant, paradoxalement, il a mieux compris la notion de filiation que la plupart de ses contemporains et même, aussi étonnant que cela puisse paraître, des néodarwiniens du XXe siècle.





  • Table des matières
    Marc Silberstein
    Introduction. Vous avez dit « science(s) » ? (page 3)
    Jean Audouze
    La science, ses progrès et ses piétinements (page 11)
    Arnaud Banos
    Ma progressive découverte de la science (page 17)
    Adrien Barton
    L'ontologie est-elle une science ? (page 21)
    édouard Brézin
    Qu'est-ce que la science pour moi (page 27)
    Gérald Bronner
    Désincarcérer la rationalité (page 33)
    Mario Bunge
    Sciences et philosophie, un dialogue (page 39)
    Fabrice Cahen
    L'« instinct scientifique » de Martin Eden (page 43)
    Gilles Campagnolo
    La science est un opéra total - un opéra du réel (page 51)
    Denis Caroti
    Comment ai-je (enfin) compris ce qu'était la science... (page 57)
    Pascal Charbonnat
    La science, outil d'incorporation au monde (page 63)
    Stéphane Colombi
    La science pour moi, sa mise en oeuvre et son expression (page 67)
    Antoine Danchin
    Produit de l'écriture, la science fait l'humanité de l'homme (page 71)
    Christophe Darmangeat
    Le cardeur scientifique (page 77)
    Pierre Deleporte
    Rencontres avec la philosophie des sciences (page 81)
    Pascal Engel
    Réalisme scientifique sans complexes (page 87)
    Michael Esfeld
    La science comme libération (page 93)
    Charles Galperin
    La science comme vocation (page 97)
    Nicolas Gauvrit
    L'esprit critique formalisé (page 101)
    Jean Gayon
    Qu'est-ce qu'un scientifique ? De la splendeur du vrai au métier (page 107)
    Jean Génermont
    Où se niche la science ? Regard d'un biologiste (page 113)
    Yves Gingras
    Qu'est-ce qu'une science ? (page 119)
    Gabriel Gohau
    Les deux sciences... de la Terre (page 125)
    Philippe Grandcolas
    La science et notre relation avec le monde :
    l'équilibre entre sclérose et incertitude (page 129)
    Jean Iliopoulos
    Science, connaissances, sagesse (page 133)
    Laurent Jodoin
    Comment définir la science ? (page 139)
    Gérard Lambert
    Méthode, utopie et culture (page 145)
    Maël Lemoine
    Jouer le jeu de la science (page 151)
    Françoise Longy
    La pluralité des sciences et l'idéal de la science (page 157)
    Pascal Ludwig
    Un marché libre des idées (page 163)
    François Maurice
    Une triade scientifique ? (page 169)
    Michel Morange
    Une quête humaine toujours inassouvie (page 175)
    Maël Montévil & Matteo Mossio
    Une brève discussion sur la science, autour d'un verre (page 179)
    Françoise Parot
    Le chemin vers le doute (page 185)
    Michel Paty
    La science comme pensée et comme expérience objective du monde (page 191)
    Alain Pavé
    Point de vue d'un modélisateur (page 199)
    David Piotrowski & Yves-Marie Visetti
    Comment et à quoi pensent les disciplines linguistiques ? (page 205)
    Dominique Raynaud
    Inférer l'inconnu à partir du connu (page 215)
    René Rezsohazy
    Faire acte de création (page 221)
    Armand de Ricqlès
    La science : une méthode offrant des réponses
    adéquates aux questions posées par la réalité (page 227)
    Dominique Rojat
    Rêves de science (page 233)
    Angélique Stéphanou
    La science, quête et conquêtes (page 239)
    Hervé This
    Mehr Licht ! (page 243)
    Véronique Thomas-Vaslin
    Questionnements et connaissance de la complexité (page 251)
    Claudine Tiercelin
    La science, la métaphysique et l'esprit scientifique (page 257)
    Franck Varenne
    Une recherche de représentations recroisant ses sources (page 263)
    Denis Vernant
    De la science aux sciences (page 267)
    Pierre Wagner
    Sur ce que nous voudrons que la science soit (page 273)
    Bernard Walliser
    Les deux piliers de la science (page 279)


  • [Table des matières]


    Remerciements (page 4)
    Préface de Mario Bunge (page 5)
    Introduction (page 13)
    1] Approche générale de la technologie
    2] Objectif de l'enquête
    3] Plan du livre
    Chapitre 1, Science, technique, technologie (page 21)
    1] Définitions
    1.1] Technique et technologie
    1.2] Science et technologie
    2] Termes dérivés
    2.1] Artefact technologique
    2.2] Procédé technologique
    2.3] Raisonnement technologique
    2.4] Innovation technologique
    2.5] Degrés de nouveauté
    2.6] Obsolescence technologique
    2.7] Technodiversité
    3] Pensées classiques de la technique
    3.1] Technophilie et technophobie
    Jacques Ellul
    Jürgen Habermas
    4] Nouvelles approches de la technologie
    4.1] La question axiologique
    4.2] La rupture
    4.3] Approche empirique et analytique
    Chapitre 2, Obstacles à l'étude de la technologie (page 57)
    1] Multiplicité des rapports de mise en oeuvre
    1.1] Type A1. Connaissance réfutée
    1.2] Type A2. Connaissance incertaine
    1.3] Type B1. Connaissances sans application
    1.4] Type B2. Technique non dérivée de la science
    1.5] Type B3. La pratique, prétexte d'un exercice théorique
    1.6] Type B4. Application modifiant la connaissance théorique
    1.7] Type C1. Délai motivé par la difficulté à trouver une utilité
    1.8] Type C2. Délai motivé par la croyance infondée dans l'inutilité
    1.9] Type C3. Nocivité de l'application réputée utile
    1.10] Type C4. Application limitée à d'autres sciences
    2] Les transitions technique D technologie
    2.1] Mutations technologiques (technique ? technologie)
    2.2] Régressions techniques (technologie ? technique)
    2.3] L'autonomisation de la technique sans Ellul
    3] Conclusion
    Chapitre 3, Technologie et changement non finalisé (page 87)
    1] Cas 1 : L'invention du ciment artificiel
    2] Cas 2. La CDAO et la révolution informatique
    3] Espoirs et craintes des années 1980
    4] Analyses rétrospectives
    4.1] Impact sur la profession
    4.2] Impact sur la conception
    4.3] Impact sur le dessin
    4.4] Impact sur les bâtiments
    5] Évaluer les mutations technologiques
    6] Conclusion
    6.1] Téléologie, téléonomie et changement non finalisé
    6.2] Hasard et technologies adaptatives
    Chapitre 4, Technologie et connaissance (page 109)
    1] Une mutation du mode de production des connaissances ?
    1.1.] Contextualisation
    1.2] Transdisciplinarité
    1.3] Délocalisation
    1.4] Contrôle qualité
    2] Les Laboratoires Bell
    2.1] L'usine à Nobel
    2.2] Une recherche fondamentale et appliquée
    2.3] La fin des Bell Labs ?
    2.4] La science appliquée aux États-Unis
    2.5] La science appliquée en Europe
    3] Deux réalisations technologiques récentes
    3.1] Le télescope de Schwarzschild-Couder
    3.2] L'oeil bionique
    4] Conclusion
    Chapitre 5, Technologie et travail (page 141)
    1] Aristote et les pratiques prudentielles
    2] Technologie et phrónesis
    2.1] Information lacunaire
    2.2] Hypothèses incertaines
    3] Science et phrónesis
    3.1] Les mathématiques contemporaines
    3.2] Comparaison
    3.3] La découverte du boson de Higgs
    3.4] L'organisation du travail au CERN
    3.5] Comparaison
    4] Le cas particulier des start-up
    5] Conclusion
    Chapitre 6, Technologie et professions (page 163)
    1] L'axiologie scientifique
    1.1] Max Weber
    1.2] Robert K. Merton
    1.3] Norman Storer
    1.4] Eliot Freidson
    2] Pratiques contemporaines
    2.1] Des mathématiciens plus hétéronomes ?
    2.2] Des ingénieurs plus autonomes ?
    3] Retour sur le concept d'autonomie
    3.1] Redéfinir l'autonomie
    3.2] Le Second Empire autoritaire
    4] Conclusion
    Chapitre 7, Technologie et droit (page 195)
    1] Régimes de la propriété intellectuelle
    1.1] La propriété littéraire et artistique
    1.2] La propriété industrielle
    2] Les interfaces science D technologie
    2.1] Notions de public et privé
    2.2] Technologies de recherche et de marché
    2.3] Transition privé/public
    2.4] Transition public/privé
    2.5] Frontière stable public/privé
    2.6] Frontière instable public/privé
    3] Conclusion
    Chapitre 8, Technologie et communication (page 227)
    1] Effets de propagande
    1.1] Extension des nanotechnologies
    1.2] Les brevets
    1.3] Technologies et biais cognitifs
    2] Les technologies invisibles
    2.1] Classe 1. Technologie non développée
    2.2] Classe 2. Technologie de grande diffusion occultée
    2.3] Classe 3. Technologie de faible diffusion occultée
    2.4] Classe 4. Technologie asservie, stable et de grande
    diffusion
    2.5] Classe 5. Technologie asservie, stable et de faible diffusion
    2.6] Classe 6. Technologie asservie transitoire
    2.7] Classe 7. Technologie doublement asservie stable
    2.8] Classe 8. Technologie doublement asservie transitoire
    3] Conclusion
    Conclusion (page 259)
    1] Technologie et démographie
    Post-scriptum sur la technoscience (page 273)
    1] Histoire du mot « technoscience »
    1.1] Occurences actuelles
    1.2] Occurrences historiques
    2] Critique de la technoscience
    2.1] Le mot « technoscience » a un périmètre indéfini
    2.2] Le mot « technoscience » est fondé sur une relation
    inclarifiable
    2.3] Le mot « technoscience » ne décrit pas un phénomène
    nouveau
    2.4] Le mot « technoscience » a un contenu émotionnel
    2.5] Le mot est peu connu des scientifiques et des ingénieurs
    2.6] Le mot « technoscience » est utilisé par une communauté
    restreinte
    2.7] L'usage du mot « technoscience » est en déclin
    3] Conclusion








    Achevé d'imprimer en février 2015 par l'imprimerie Laballery,
    Rue Louis Bleriot, 58502 Clamecy, France.
    Dépôt légal : février 2015.


  • [Table des matières]


    Remerciements (page 3)
    Préface de Thomas Heams (page 5)
    Introduction (page 9)
    Chapitre 1 (page 17)
    Qu'est-ce qu'une cellule souche ?
    Histoire et actualité d'un concept
    1] Aux origines : du XIXe siècle au milieu du XXe siècle
    1.1] Cellule souche et lignée germinale
    1.2] Cellule souche et hématopoïèse
    1.3] Cellule souche et cancer
    1.4] Cellule souche et potentialité de différenciation
    2] Années 1960 : les débuts de l'ère moderne
    2.1] Découverte des cellules souches hématopoïétiques
    2.2] Étude des tératomes, tératocarcinomes et carcinomes
    embryonnaires
    3] Premières purifications et caractérisations moléculaires
    de cellules souches
    3.1] Isolement et caractérisation moléculaire des
    cellules souches hématopoïétiques
    3.2] Des cellules EC murines aux cellules ES humaines
    4] Années 2000 : une tentative de définition moléculaire des
    cellules souches
    4.1] Des voies et des gènes propres aux cellules souches
    4.2] Rôle des niches pour les cellules souches adultes
    4.3] Réémergence de la notion de cellule souche cancéreuse :
    aspects moléculaires et cellulaires
    5] Années 2010 : une nouvelle conception émerge
    5.1] Des révolutions technologiques pour une révolution
    conceptuelle
    5.2] Cellule souche : un état plutôt qu'une identité
    5.3] Dynamique du génome et de l'épigénome
    5.4] Cellule souche cancéreuse : une théorie très discuté
    Chapitre 2 (page 75)
    Différenciation des cellules souches : l'ontophylogenèse comme réponse à la crise du programme génétique
    1] Le modèle de différenciation classique
    basé sur la notion de programme génétique
    1.1] Un modèle déterministe et instructif issu
    du modèle de l'opéron
    1.2] Contemporanéité du modèle instructif : rôle de l'épigénétique
    2] Crise du modèle déterministe
    2.1] Au niveau cellulaire : différenciation cellulaire
    aléatoire, dédifférenciation, transdifférenciation
    2.2] Au niveau moléculaire :
    expression stochastique des gènes et différenciation
    2.3] Une tentative de modèle alternatif
    stochastique : Huang, Kaufmann, Kaneko
    3] Un modèle sélectif de type darwinien : l'ontophylogenèse
    3.1] « Hétérostabilisation »
    3.2] Ontophylogenèse
    3.3] Rôle des interactions et de la signalisation cellulaire
    3.3.1] La différenciation épiblaste/endoderme primitif
    chez la souris
    ?.?.?] Morphogènes et autres systèmes développementaux
    3.4] Cycle cellulaire, facteurs de croissance, niche et quiescence
    3.5] Cancer
    Chapitre 3 (page 129)
    Nouvelle perspective sur la
    « reprogrammation » cellulaire
    1] Méthodes classiques d'obtention de cellules
    souches embryonnaires et leurs problèmes
    1.1] À partir d'embryons issus de fécondation in vitro
    1.2] Reprogrammation par transfert nucléaire
    1.3] Fusion cellulaire
    2] Les cellules souches induites
    2.1] Principe et processus
    2.2] Problèmes
    2.3] Différenciation « dirigée » des cellules souches induites
    3] Reprogrammation directe par transdifférenciation
    4] Nouvelle perspective : la reprogrammation selon l'ontophylogenèse
    4.1] Cellules souches induites
    4.2] Reprogrammation par transfert nucléaire
    4.3] Fusion cellulaire
    4.4] Différenciation « dirigée »
    4.5] Reprogrammation par transdifférenciation
    Chapitre 4 (page 175)
    Nouvelle perspective sur la médecine régénérative
    1] Utilisation de cellules souches à des fins thérapeutiques
    1.1] Exemples de régénération tissulaire naturelle
    1.2] L'idée de thérapie cellulaire par des cellules souches
    pluripotentes pour la médecine régénérative
    1.3] Avantages et inconvénients des différents types
    de cellules souches pluripotentes en médecine régénérative
    1.4] Des cellules souches pour traiter quelles maladies ?
    1.5] Autres utilisations des cellules souches
    pluripotentes à des fins thérapeutiques
    2] La médecine régénérative par les
    cellules souches vue de l'ontophylogenèse
    2.1] Aperçu de quelques problèmes
    2.2] Modulation de la niche des cellules souches endogènes
    Conclusion (page 195)
    Sigles et glossaire (page 199)










  • [Table des matières]


    Introduction (page 7)
    Nicolas Glade & Angélique Stéphanou
    Le critique et le chaotique,
    essences de l'adaptabilité et de la robustesse du vivant
    Chaos déterministe et hasard
    Évolution et robustesse
    Chaos pathologique et chaos déterministe
    Criticité et criticalité
    De l'importance de l'hétérogénéité
    De la spatialité à l'historicité
    Chapitre 1 (page 21)
    Franck Varenne
    Diversité des biologies théoriques
    face aux complexités du vivant
    1] Préambule sur les mathématisations avant 1920
    1.1] Les mathématisations en biologie :
    une classification de Volterra
    1.2] Ancienneté de la théorisation mathématique
    2] D'Arcy Thompson : une biomécanique
    2.1] La biomécanique comme science mixte minimale
    2.2] Les hypothèses épistémologiques de d'Arcy Thompson
    2.3] Pourquoi recourir aux mathématiques en biologie théorique ?
    3] Lotka : une biologie physique
    3.1] Biophysique et biologie physique
    3.2] Une biologie physique énergétiste
    4] Woodger : une biologie axiomatique
    4.1] Vers des « principes biologiques »
    4.2] Le « vitalisme méthodologique » de Woodger
    4.3] Un système axiomatique pour la biologie :
    le système (P, T, org, U,...)
    4.4] Représenter une augmentation
    de complexité sans recours au vitalisme
    5] Rashevsky-1 : une biophysique
    5.1] Épistémologie physicaliste et « théories physico-mathématiques »
    5.2] Deuxième épistémologie : fonctionnalisme et « principes formels »
    6] Rashevsky-2 : une biotopologie
    7] Rosen-1 : une biologie « catégoriale »
    7.1] Approche des graphes par des diagrammes de bloc
    7.2] Approche catégoriale des graphes
    8] Rosen-2 : une biologie théorique antimécaniste
    9] Un essai de synthèse comparative
    10] Conclusion
    Chapitre 2 (page 73)
    Maël Montévil
    Changements de symétrie, criticité et aléatoire :
    mathématiques et objectivation du vivant
    1] Géométrie du temps des mammifères
    1.1] Introduction
    1.2] Allométries
    1.3] Géométrie du temps biologique
    1.4] Structure de la variabilité du temps biologique
    1.5] Bilan
    2] Phénomènes et mathématiques en physique
    2.1] Symétries
    2.2] Constitution théorique des objets physiques
    2.3] Changements de symétries en physique et criticité
    3] Le cas des objets biologiques
    3.1] Hypothèse
    3.2] Les objets biologiques
    4] Stabilités chez le vivant
    4.1] Les symétries comme contraintes
    4.2] La mesure en biologie
    5] Conclusion
    Chapitre 3 (page 99)
    Jacques Demongeot
    De la stabilité des systèmes dynamiques modèles du vivant
    1] Définitions de la stabilité et de la robustesse
    1.1] Définition de la stabilité trajectorielle
    et de la stabilité asymptotique
    1.2] Définition de la stabilité structurelle
    1.3] Définition de la résilience, de la résistance et de la robustesse
    1.4] Définition des systèmes potentiels, hamiltoniens et mixtes
    2] Exemples de réseaux de régulation asymptotiquement
    stables, résistants et robustes, ou non
    2.1] Exemple d'un réseau de régulation métabolique potentiel asymptotiquement stable en morphogenèse
    2.2] Exemple d'un réseau de régulation conservatif immunologique non asymptotiquement stable
    2.3] Exemple d'un réseau de régulation physiologique mixte asymptotiquement stable
    2.4] Exemple d'un réseau de régulation métabolique mixte asymptotiquement stable
    2.5] Exemple d'un réseau de régulation neuronale robuste
    2.6] Exemple d'un réseau de régulation génétique asymptotiquement stable, non résistant
    2.7] Exemple d'un réseau de régulation écologique non asymptotiquement stable, ni robuste
    2.8] Exemple d'un réseau de régulation génétique asymptotiquement stable, non robuste
    3] Les molécules de la stabilité et de la robustesse :
    microARN, mitomiR et chloromiR
    3.1] Rôle des microARN dans l'architecture des réseaux
    de régulation génétique
    3.2] MicroARN et horloge chromatinienne
    3.3] MicroARN et énergétique cellulaire
    3.4] MicroARN, morphogenèse et cycle cellulaire
    3.5] MicroARN mitochondriaux
    3.6] MicroARN chloroplastiques
    3.7] MicroARN et cancer
    3.8] MicroARN et pathologie infectieuse
    4] Architecture générale d'un réseau
    de régulation génétique et robustesse
    5] Perspective : rôle de l'évolution.
    Exemple : régulation du métabolisme du fer
    6] Conclusion
    7] Annexe mathématique
    7.1] Définition mathématique d'un réseau et propriétés dynamiques
    7.2] Approximation de la distance de Hamming circulaire
    Chapitre 4 (page 159)
    Jean-Pierre Françoise & et Marion Lahutte-Auboin
    Systèmes multi-échelles impulsionnels
    au voisinage de leur courbe critique
    1] Le contexte biologique : le rôle du lactate en physiologie,
    un nouveau paradigme
    2] Modèle pour l'échange des flux de lactate
    2.1] Échanges à travers l'unité fonctionnelle « vasculaire-interstitiel-cellulaire »
    2.2] Points stationnaires du système et isocline lente
    2.3] Courbe critique et portrait de phase
    3] Discussion sur les paramètres
    3.1] Limitations physiologiques de l'espace de phase
    3.2] Limites physiologiques des paramètres
    3.3] Simulations numériques
    4] Modèle avec stimulations
    4.1] La théorie des bifurcations
    4.2] Le système forcé avec un terme de contrôle
    4.3] Choix d'un forçage impulsionnel
    et explication géométrique de la déflexion
    4.4] Accrochage des fréquences
    5] Conclusions et perspectives
    Chapitre 5 (page 179)
    Arnaud Chauvière & Fernando Peruani
    Auto-organisation et agrégation
    cellulaire sans chimiotactisme
    Instabilités, ordre et désordre associés à la densité
    1] Modèle discret d'auto-organisation et d'agrégation cellulaire
    2] Modèles continus à deux vitesses
    pour la formation d'agrégats cellulaires
    2.1] Modèle de migration cellulaire en milieu fibreux
    2.2] Modèle minimal pour la formation d'agrégats cellulaires statiques : influence des phases d'immobilité dans une dynamique multicellulaire
    3] Généralisation à un modèle continu avec distribution de vitesses
    4] Conclusion
    Chapitre 6 (page 199)
    Bertrand Caré, Amanda Lo Van,
    Hugues Berry, Hédi Soula
    Signalisation sous contraintes spatiales
    Conséquences sur les conditions de stabilité
    et de bifurcation
    1] Impact du clustering membranaire : cas « overstacked »
    2] Situation plus réaliste : récepteurs contigus
    3] Hit & Run Pathway
    4] Clustering et oscillateur : bifurcation induite par l'espace
    5] Discussion
    Chapitre 7 (page 223)
    Nicolas Glade, Olivier Bastien & Hessam Hessami
    Phénomènes critiques en épidémiologie :
    résistance, spatialité, dynamiques humaines
    Des modèles aux applications
    1] Introduction
    1.1] Historique et motivations
    1.2] Données nouvelles, motivations nouvelles
    2] Cinétiques et mesures
    2.1] Cinétique SI avec délai (sans résistance)
    2.2] Cinétique SIR (avec résistance)
    2.3] Dynamique des groupes dans une population
    2.4] Mesures
    2.4.1] Indicateurs globaux obtenus à partir des cinétiques
    2.4.2] Micro et macro-événements
    2.4.3] Charges : charge infectieuse, charge sanitaire, charge de réserve
    2.4.4] Charges et criticalité comme signatures des maladies
    2.4.5] Utilisation des connaissances fines sur la dynamique infectieuse
    3] Modèles numériques
    3.1] Modèles spatialisés, modèles stochastiques
    3.2] Modélisation continue à EDO (espace
    globalement homogène) et EDP (espace localement homogène)
    3.3] SSA en temps continu (SSA-H et SSA-G)
    3.4] SSA en temps discret (SSA-AC et SSA-G)
    3.5] Systèmes multi-agents à groupes (SMA-G)
    4] Comportements critiques et oscillatoires
    4.1] Structure des populations :
    organisation globale et organisation locale
    4.2] Limitations des épidémies liées à la dynamique SIR
    5] Perspectives de modèles-outils pour l'épidémiologie
    Annexe A] Dynamiques SI et SIR
    A.1] Dynamique SI à délai (sans résistance)
    A.2] Dynamique SIR (avec résistance)
    A.3] À propos des équations de conservation [S]tot
    Annexe B] Surface effective
    Chapitre 8 (page 293)
    Sabir JACQUIR, Binbin XU,
    Stéphane BINCZAK, Jean-Marie BILBAULT
    Détection d'anomalie dans les signaux physiologiques
    1] De la membrane biologique à l'activité électrique
    1.1] Fonctions de la membrane plasmique
    1.2] Constituants moléculaires des membranes
    1.2.1] Résistance membranaire au repos
    1.2.2] Capacité membranaire
    1.3] Mécanismes des canaux ioniques
    1.4] Courants ioniques transmembranaires
    1.4.1] Courant de conduction
    1.4.2] Courant de diffusion
    1.5] Échanges ioniques au niveau de
    la cellule (exemple de la cellule cardiaque)
    1.6] Champ de potentiel extracellulaire et potentiel d'action
    1.7] Théorie du câble
    2] Observation expérimentale des signaux électriques cardiaques
    2.1] Modèle expérimental
    2.2] Champs de potentiels extra-cellulaires
    2.3] Classification de signaux
    3] Conditions expérimentales
    3.1] Cardiomyocytes en conditions basales
    3.2] Cardiomyocytes soumis à une stimulation électrique
    4] Approches de traitement et
    d'analyse non linéaires des données physiologiques
    4.1] Qualification de la non-linéarité dans les données physiologiques
    4.2] Diagramme de bifurcation
    4.3] Diagramme de Poincaré
    5] Reconstruction de l'espace de phase
    à partir des données expérimentales
    5.1] Dimension de plongement m
    5.2] Décalage temporel t
    5.2.1] t par la fonction d'autocorrélation
    5.2.2] t par l'information mutuelle
    5.2.3] t en fonction de m
    5.3] Espace de phase
    6] Conclusion
    Chapitre 9 (page 333)
    Véronique Thomas-Vaslin
    Complexité multi-échelle du système immunitaire :
    évolution, du chaos aux fractales
    1] Évolution du système immunitaire et concepts
    1.1] Système complexe interactif :
    organisme polygénomique, environnement et système immunitaire
    1.1.1] Organisme polygénomique
    1.1.2] Le système immunitaire et son environnement
    1.2] Bases conceptuelles théoriques en biologie et mathématiques
    1.3] Hypothèse d'émergence de l'auto-organisation
    arborescente multi-échelle du vivant et du système immunitaire
    1.3.1] Évolution des espèces et
    universalité fonctionnelle du système immunitaire
    1.3.2] Organisation arborescente dans le temps
    et l'espace : des écosystèmes aux immuno-récepteurs
    o Organisation arborescente du vivant
    o Organisation arborescente de l'organisme
    o Dissipation d'énergie et allométrie
    1.3.3] Structuration d'un système contraint. Émergence, diversité
    1.4] Développement et organisation
    du système immunitaire : créativité et sélection
    1.4.1] Interface fractale de la cognition immuno-récepteur/antigène
    1.4.2] Diversité somatique des immuno-récepteurs
    1.4.3] « Immunoception » de l'environnement et identité temporelle
    1.4.4] Différenciation et sélection thymique des lymphocytes T
    Répertoires et diversité
    o Sélection des répertoires
    o Autoréactivité et tolérance dominante
    1.4.5] Réponse immunitaire et contrôle
    1.4.6] Stabilité relative - compétition et diversité
    1.4.7] Historicité du système - transmission de caractères acquis
    1.4.8] Mémoire immunologique
    1.4.9] Résilience du système immunitaire
    1.5] Vieillissement du système immunitaire :
    imprédictibilité et désorganisation
    1.5.1] Désorganisation multi-échelle
    1.5.2] Rythmes biologiques et composante du temps
    1.5.3] Oscillations chaotiques et
    attracteurs dans le système immunitaire
    1.5.4] Instabilité, chaos, boucles de rétroaction :
    conséquences sur la dynamique des systèmes vivants
    1.6] Interprétation fractale-like du système immunitaire
    1.6.1] Construction/déconstruction et autocohérence
    1.6.2] Trajet hyperbolique dans l'espace et le temps
    1.6.3] Arborescence, dégénérescence et
    conservation de l'identité et de l'intégrité systèmes vivants
    1.7] Conclusions
    2] Observations expérimentales
    et modélisation du système immunitaire
    2.1] Approches qualitatives et quantitatives du système immunitaire
    2.1.1] Populations lymphocytaires et évolution au cours du temps
    2.1.2] Vieillissement, variabilité, diversité
    o Diversité et variabilité multi-échelle en
    fonction du vieillissement et du fond génétique
    o Sources de variabilité : augmentation
    de la variabilité avec le vieillissement
    o Score de diversité et de perturbation du
    répertoire lymphocytaire au cours du vieillissement
    o Prolifération lymphocytaire et vieillissement
    2.2] Déplétion transitoire du système
    2.3] Modélisations dans le temps et l'espace
    2.3.1] Modélisation in silico linéaire déterministe
    ou stochastique de la différenciation des thymocytes
    o Modélisation non linéaire et
    boucles de rétroaction lors de réponse immunitaire
    3] Perspectives
    Auteurs, résumés & abstracts (page 403)






  • Table des matières
    Présentation (page 9)
    Valérie Gateau, François Doz, Philippe Amiel
    Paysage scientifique et institutionnel
    Chapitre 1 (page 15)
    Angelo Paci Médecine personnalisée en cancérologie et essais précoces
    1] La médecine personnalisée en cancérologie
    2] Les thérapies moléculaires ciblées
    3] La révolution des biomarqueurs
    4] Enjeux médico-économiques
    5] L’accès aux médicaments innovants et aux tests de biologie moléculaire
    6] Conclusion
    Chapitre 2 (page 31)
    Béatrice Bussière, Antoine Hommais,
    Guy-Robert Auleley Initiatives et actions de soutien de l’Institut national du cancer aux essais cliniques précoces
    1] Soutien aux investigateurs d’essais cliniques précoces : labellisation des centres académiques d’essais cliniques de phase précoce
    2] Accès aux molécules innovantes auprès des firmes installées aux États-Unis à travers la collaboration entre l’INCa et le NCI
    3] Accès aux molécules innovantes auprès des firmes pharmaceutiques en France : collaboration INC-laboratoires pharmaceutiques
    4] Conclusion
    Addendum
    Questions de méthode
    Chapitre 3 (page 49)
    Jean-Claude K. Dupont, François Doz La notion de personne dans la « médecine personnalisée »
    1] De la « personnalisation » à la « précision » : contexte épistémologique d’un changement de vocable
    2] Ciblage et individualisation des soins : quelles conséquences pour une distinction philosophique salutaire ?
    3] Conclusion
    Chapitre 4 (page 73)
    Edwige Rude-Antoine Apports de l’interdisciplinarité
    1] La juxtaposition des disciplines
    2] Une discipline nourrie par des facteurs externes issus d’autres discipliness
    3] L’intégration entre champs disciplinaires
    Contributions au débat
    Chapitre 5 (page 83)
    Sylvain Besle Les réseaux d’appariements dans les essais précoces en cancérologie
    1] Inclure les patients dans les essais précoces
    1.1] Le choix des patients
    1.2] L’inclusion comme appariement
    2] Un marché des essais précoces inexistant
    2.1] Le choix des essais précoces
    2.2] Des essais singuliers
    2.3] Des appariements sans marché
    2.4] L’accès aux essais en dehors du marché
    3] Un réseau d’appariements
    3.1] Un réseau de médecins
    3.2] Caractéristiques structurelles
    3.3] L’influence des patients sur le réseau d’adressage
    4] Conclusion
    Chapitre 6 (page 109)
    Valérie Gateau Inégalités et injustices dans l’accès aux essais précoces en cancérologie : qui est le gatekeeper ?
    1] Recherche et soin : protection vs accès
    2] Entre justice comme protection et justice comme accès : le cas des essais précoces en cancérologie
    3] Modèles de la justice dans la recherche
    4] Inégalités, injustices et gatekeeping
    Chapitre 7 (page 129)
    Roberto Merrill Essais précoces en cancérologie : pas de paternalisme, mais moins de justice ?
    1] L’éthique des essais précoces : trois questions
    2] Un argument paternalisme contre les essais précoces
    3] Deux objections
    3.1] Objection du mauvais jugement
    3.2] Objection des libertés fondamentales
    4] Pas de paternalisme mais moins de justice ?
    5] Conclusion
    Chapitre 8 (page 143)
    Anne Fagot-Largeault Les essais précoces et la distinction soins/recherche
    Chapitre 9 (page 165)
    Philippe Amiel Essais précoces et droit des personnes à la recherche : l’apport de la loi Jardé
    1] La loi Jardé : principales dispositions
    1.1] Une nouvelle catégorisation des recherches fondée sur le niveau de risque
    1.2] Autres dispositions
    2] L’apport de la loi à la reconnaissance d’un droit de participer aux essais
    2.1] L’évolution en marche du rapport aux essais
    2.2] La contribution de la loi Jardé à la reconnaissance d’un droit de participer aux essais






  • Pr?face
    Guillaume Lecointre
    Mus?um national d'histoire naturelle
     
    ?tudiant, j?ai fr?quent? r?guli?rement le mus?e d?histoire naturelle de Rouen, comme je fr?quentais ce type de mus?es chaque fois que l?occasion s?en pr?sentait. Je restais frapp? par l?obsolescence des contenus scientifiques, alors que ceux-ci enveloppaient de leurs discours surann?s des objets remarquables par leur raret?, leur beaut?, leur ?tranget?, leur puissance ?vocatrice ou leur incitation au questionnement, voire m?me au r?ve. Toute la puissance de l?histoire naturelle se trouvait l? r?unie par la fascinante force des sp?cimens, mais comme laiss?e ? l?abandon par l?intellect. Il en allait de m?me pour d?autres mus?es d?histoire naturelle en France, y compris de certaines galeries du Mus?um national. Pourtant, les mus?es d?histoire naturelle ont ?t? et restent des mus?es populaires. Que s??tait-il pass? ? Pourquoi cet abandon ? En parall?le, de nouveaux types de mus?es ou d?expositions temporaires voyaient le jour, forts de dispositifs mus?ographiques sophistiqu?s et pr?sent?s comme ? la pointe, forts de messages ? faire passer, mais d?connect?s d?objets, de sp?cimens r?ellement issus du monde naturel. J?en venais ? souhaiter de toutes mes forces un mus?e d?histoire naturelle dont la puissance ?vocatrice des sp?cimens r?els soit au service d?un contenu scientifique moderne. Fort heureusement, plusieurs r?novations spectaculaires de mus?es d?histoire naturelle fran?ais entre 1994 et 2014 ont relev? ce d?fi. Mais il reste du chemin ? parcourir. Je ne peux que souhaiter qu?il en soit de m?me pour le Mus?um de Rouen, ainsi que pour certaines galeries du Mus?um national.
    La riche r?trospective historique pr?sent?e ici par B?n?dicte Percheron nous montre que l?histoire naturelle en g?n?ral, et le Mus?um de Rouen en particulier ont ?t? des acteurs dans la soci?t? locale sous la Troisi?me R?publique, et dans les d?bats scientifiques de cette ?poque. Pour concevoir comment et pourquoi un m?me lieu peut ?tre ? la fois un sanctuaire du patrimoine d?histoire naturelle, un site de recherche scientifique, un th??tre du d?bat des id?es scientifiques et un instrument politique, il faut retourner aux sources de ce qu?est l?histoire naturelle. ? travers l?histoire de l?histoire naturelle rouennaise, B?n?dicte Percheron nous montre brillamment ? quoi pouvait servir ce type d?institutions, et ? quoi elle sert encore. C?est pourquoi ce travail remarquablement ?rudit ne vaut pas ? mes yeux que parce que j?aime l?histoire naturelle, la Normandie et la ville de Rouen en particulier, mais bien parce qu?? travers cette analyse historique, c?est la f?condit? persistante de l?histoire naturelle, ses r?les scientifique, culturel et social permanents qui sont mis en ?vidence.
    L?histoire naturelle : ce qu?elle est
    L?histoire naturelle a ?t? - et est toujours - une m?thode d?enqu?te, d?inventaire, de description et de classification du monde naturel, ? tout ce qui est ?, humains compris. ? ses d?buts, il existait une histoire naturelle fixiste au si?cle de Linn? (XVIIIe si?cle). S?ajoutera progressivement ? ces aspects initiaux la prise en compte de l?histoire (au sens moderne du terme) des objets dans le temps long : c?est aujourd?hui la science de l?organisation de la diversit? du r?el, faite d?objets r?sultant d?une histoire particuli?re. L?histoire naturelle ?tudie les choses dans leur diversit?, leur temporalit? et leur historicit?. Elle s?int?resse aux lois, certes, mais surtout ? la singularit? des objets charg?s d?histoire et aux r?gularit?s que donne ? voir la moyenne des singularit?s. Elle s?int?resse au patrimoine naturel commun de l?humanit?, celle-ci incluse. Aujourd?hui, elle s?applique ? tous les niveaux d?organisation de la mati?re, de la min?ralogie et des donn?es g?n?tiques jusqu?aux ?cosyst?mes et aux plan?tes. Elle utilise pour cela les technologies les plus avanc?es et les plus innovantes.
    Fait largement ignor? aujourd?hui, y compris par la majorit? des biologistes, l?histoire naturelle proc?de d?une m?thode particuli?re qu?on ne trouve pas ailleurs : l?histoire naturelle op?re par comparaison d?objets, laquelle commence avec trois objets. Objets est ici ? prendre au sens large : outils lithiques, sp?cimens de mus?es, individus biologiques, m?t?orites, cr?nes, artefacts humains, langues, symboles, s?quences d?ADN, etc. Cette comparaison se distingue d?autres comparai sons utilis?es ailleurs en science (par exemple la comparaison d?une situation exp?rimentale avec ses situations t?moins). Dans une situation exp?rimentale classique, les r?actions d?un syst?me d?interactions dans une situation contr?l?e sont compar?es aux r?actions d?un syst?me ?quivalent dans une autre situation et/ou ? un syst?me t?moin. De ces comparaisons d?couleront des d?ductions. Dans une approche par mod?lisation, les pr?dictions du mod?le sont compar?es aux donn?es issues du terrain. En recherche par immersion, l?observateur s?immerge au sein du ph?nom?ne ? expliquer et contribue m?me ? sa modification. Dans ce dernier cas, la comparaison n?est pas vraiment convoqu?e, sauf ? comparer un ?tat ant?rieur ? un ?tat post?rieur. En histoire naturelle, ce sont des objets contemporains qui sont compar?s. Compte tenu du fait que c?est l?histoire qui va rendre compte des diff?rences ou des ressemblances entre les objets, les causes de ces ressemblances ne s?inscrivent pas dans le temps de vie ou dans les processus qui rendent compte de la dynamique de l?objet lui-m?me, mais dans une trame historique d?objets semblables : il s?agit alors de pal?o-?tiologie, ou pal?o-?tiologie. En outre, les objets peuvent ?galement ?tre compar?s en diachronie, par exemple un organisme actuel et un fossile proche. Ce qui explique les objets ne sont donc pas les processus qui pourraient pr?sider ? leur changement individuel, mais une r?trodiction des conditions historiques qui leur ont donn? naissance.
    Cette double caract?ristique de comparaison d?objets tourn?e vers un r?gime d?explication historien nourrit et entretient un lien original entre le terrain, le laboratoire de recherche et les collections d?objets et de sp?cimens. C?est pourquoi il existe des collections de r?f?rence dans les mus?es d?histoire naturelle. Chaque objet portant la trace d?une historicit? propre, chaque objet n?ayant exist? qu?une seule fois, il faut en r?f?rencer un certain nombre d?entre eux dans des collections de mani?re ? ce que les noms utilis?s pour d?signer des classes d?objets (par exemple des esp?ces) puissent s?ancrer dans le r?el gr?ce ? un r?f?rentiel porte-nom. Sans quoi, tr?s vite les usages langagiers divergent et on ne sait plus de quoi on parle. Ou bien les organismes ?voluent (organismes ? temps de g?n?ration court) ou disparaissent, et l?on ne sait plus de quoi parlait tel auteur d?il y a deux si?cles.
    [...]

  • Qu'est-ce que la complexité?? Et n'y en a-t-il qu'une sorte?? Ces rencontres pluridisciplinaires sur le thème complexité désordre vous invitent à un voyage entre art, philosophie, histoire, sciences dures et sciences humaines sous la conduite de spécialistes qui s'efforcent d'ouvrir leur message aux lecteurs?: non seulement leurs collègues directs, mais aussi et surtout les spécialistes d'autres disciplines, comme bien sûr les étudiants, les élèves et tout lecteur curieux. À travers la diversité des styles et des thèmes personnels, des questions majeures émergent, interconnectent les rapports et suggèrent de nouvelles applications. S'y révèle notamment la complexité de l'espace qui nous entoure, cet espace dans lequel la pesanteur déséquilibre l'isotropie et la régularité. S'y manifestent aussi le besoin et la nécessité d'observer la nature, sa complexité à différentes échelles, de différents points de vue, pour mieux l'appréhender dans sa globalité, dans sa diversité.
    La complexité de la nature (physis) pose, depuis l'Antiquité au moins, les deux questions de savoir si et pourquoi elle nous est compréhensible. Les sciences naturelles et les mathématiques tentent de répondre principalement à la première question, la philosophie et les sciences humaines à la seconde. Chercher à aborder ces deux questions de concert nécessite donc une approche globale où se rejoignent des disciplines très différentes. C'est dans ce cadre que se situe cet ouvrage dont l'objectif, au travers de la diversité des analyses et des auteurs, est de fournir quelques éléments de réponse ou de réflexion sur la nature de la complexité.
    Jean-Claude Serge Lévy est professeur émérite à l'Université Paris Diderot. Physicien du magnétisme, il s'est aussi intéressé à la structure des matériaux, aux réseaux de neurones, etc.
    Salomon Ofman a une double formation de mathématicien et de philosophe. Chercheur au CNRS (Université Paris 7), membre du groupe Histoire des sciences mathématiques de l'Institut mathématique de Jussieu-Paris Rive gauche.
    Contributeurs?: Kamel Boukheddaden, Nicolas Décamp, Philippe Depondt, Hung T. Diep, Kitsou Dubois, Pierre Ghewy, Laurent Goffart, Marc Jaillot, Victor Lefèvre, Vincent Legeay, Julien Léopoldès, Jean-Claude Serge Lévy, Fabrizio Li Vigni, Slawomir Mamica, Salomon Ofman, Hassan Peerhossaini, Raymond Pictet, Nicolas Piqué, Mouhamadou Sy, Anthony Tchekemian, Anne Tanguy, Gaston Tolila, Laurence Viennot, Thomas Vourc'h, Hervé Zwirn.

  • L'oeuvre du médecin et historien d'origine croate Mirko Grmek (1924-2000) représente un moment incontournable de l'histoire des sciences et de la médecine de la seconde moitié du XXe?siècle.
    S'installant à Paris au début des années 1960, Grmek travaille aux côtés de Fernand Braudel, Pierre Huard, René Taton, Georges Canguilhem et Alexandre Koyré, puis devient professeur-chercheur aux États-Unis et directeur d'études à la Sorbonne. Personnage imposant par son savoir scientifique et sa connaissance des principales langues européennes, il participe à l'essor de l'histoire de la médecine et des sciences grâce à ses nombreux travaux sur la nature du vieillissement, le rôle de la quantification dans les sciences biologiques, l'histoire des maladies, l'oeuvre de Claude Bernard, dont il reste l'un des plus grands spécialistes. Annonçant le «?tournant pratique?» en philosophie des sciences, Grmek renouvelle l'épistémologie de la découverte scientifique et les méthodes d'investigation en histoire des sciences. Éditeur fondateur de la revue History and Philosophy of the Life Sciences, son héritage se prolonge dans le cadre de l'école internationale en histoire de la biologie à Ischia, en Italie.
    Que retenir aujourd'hui de cette oeuvre couvrant l'histoire des concepts scientifiques de l'Antiquité à la période contemporaine?? Comment décrire cette méthode historique qu'il a préconisée?? À quel courant de pensée la rattacher?? Quelles voies nouvelles Grmek a-t-il tracées dans l'histoire des sciences biologiques?? Quelle est la singularité de son regard sur la science, la médecine, les techniques et leur historiographie?? Rassemblant des études récentes en français sur Mirko Grmek, cet ouvrage collectif se propose de dessiner les contours de son legs d'historien et de philosophe de la médecine et des sciences.

  • Cet ouvrage est un choix de textes sur l'histoire de la biogéographie historique et sur ses développements récents, découlant d'une part des progrès apportés à la systématique par la méthode phylogénétique de Willi Hennig, d'autre part des vues controversées de Léon Croizat sur la « panbiogéographie ». Il comprend sept articles de Gareth Nelson, Norman Platnick, Colin Patterson et Robin Craw, qui comptent parmi les meilleurs théoriciens de la discipline.
    La biogéographie, de Linné à de Candolle et à Darwin jusqu'aux auteurs les plus modernes ; les périls de la plésiomorphie et des taxa largement répandus ; le modèle de la vicariance ; les buts et méthodes actuelles de la discipline ; le problème du rôle des fossiles ; la panbiogéographie et enfin l'avenir possible de la biogéographie historique sont successivement traités. Une bibliographie de près de 200 références offre au lecteur l'accès aux monographies et ouvrages fondamentaux d'une branche entièrement renouvelée de la biologie comparée.

  • La singularité et l'universalité du vivant procèdent d'un double constat?: tout vivant est taillé dans la même étoffe que les autres systèmes matériels?; les systèmes vivants sont des entités matérielles différentes des autres systèmes avec lesquels elles partagent cette communauté matérielle. Voici donc le cadre général du questionnement auquel nous convie le livre de Gilbert Lechermeier.
    Le vivant, singulier car il exhibe une organisation et des propriétés matériellement inédites, mais universel parce qu'il les déploie dans toutes ses instanciations, semblent se dérober à nos analyses les plus perspicaces tout en étant l'un des sujets de recherche scientifique et philosophique les plus opiniâtrement explorés. Phénomène éminemment multiple, la vie est nécessairement redevable d'approches multi et transdisciplinaires, nécessairement enchevêtrées?: la question des (non-)frontières est cruciale. C'est également le lieu épistémique d'une tension entre un réductionnisme analytique et une profusion empirique. Les définitions, pléthoriques et jamais complètes, brouillent l'idée spontanée qu'on se fait généralement de ce qui caractérise le vivant?; toutefois, elles sont des jalons utiles et ce livre nous aide à nous repérer afin d'éviter les risques permanents d'une essentialisation de la vie ou, à l'opposé, d'un nominalisme incontrôlable. Difficile de s'y retrouver tant le chemin de la compréhension du vivant est tortueux.
    C'est pourquoi ce livre est utile car il présente et organise la cartographie profuse, fût-ce dans ses arcanes les plus subtils ou les plus opaques de ses définitions, des théories, des modélisations, des épistémologies, voire des soubassements ontologiques, qui ont été pensés depuis des centaines d'années au sujet du vivant. Là encore, Gilbert Lechermeier nous permet de mieux comprendre ce que nous sommes?: vivants parmi les vivants à s'interroger sur le vivant...
    Préface de Michel Morange

    Postface de Thomas Heams

  • L'idée cruciale de démarche scientifique n'est pas univoque. Il devient alors nécessaire de parler des démarches scientifiques, de leur pluralité, de la versatilité des aspects jugés majeurs. Faire appel à l'histoire des sciences pour en dégager les caractéristiques, les fluctuations et les permanences s'impose?; c'est l'objectif de ce livre. La découverte décisive ou le génie surréel du savant sont souvent mis en avant dans les récits des avancées des sciences?: «?ils éblouissent, on croit qu'ils éclairent?», pour reprendre une formule de Condillac. Le point d'arrivée masque fréquemment la voie suivie, dont on arase les sinuosités. La démarche scientifique semble dès lors relever d'une méthode linéaire et stabilisée. Ce livre explore les arcanes et les réticulations de ces conceptions.
    Depuis l'Antiquité, de multiples «?discours de la méthode?» ont été élaborés par des scientifiques et philosophes soucieux de définir et baliser les trajectoires du savoir jugées fructueuses?: Aristote, Bachelard, Bacon, Bernard, Comte, Descartes-, Hume, Kant, Kuhn, Mill, Newton, Popper, Whewell, sans oublier les réflexions méthodologiques remarquables d'auteurs antiques, médiévaux et plus contemporains moins connus, tels quel al-Farabi, Bunge, Carnéade, Faraday, Grosseteste... Cet ouvrage, abondamment documenté, les présente, les analyse et les compare, montre des filiations, des traditions, des revirements. Il permet de discerner les processus intellectuels à l'oeuvre dans l'accès à la connaissance au cours de l'histoire de l'humanité ainsi que dans la recherche contemporaine, et quelles parts peuvent y prendre la déduction, l'induction, l'analogie, l'abduction, mais aussi les doutes, les errements, les révisions.
    Cette traversée de l'histoire des démarches scientifiques se conclut par un bilan épistémologique interrogeant l'unité et la diversité de ces démarches, pour finalement en proposer une synthèse s'appuyant sur le concept de démarche hypothético-abductive.
    S'adressant aux enseignants qui forment leurs élèves à la pensée scientifique, aux formateurs d'enseignants, aux étudiants en sciences, en histoire et en philosophie et plus largement à tous ceux qui s'intéressent à l'élaboration des connaissances scientifiques, ce livre, mêlant la fresque et le détail, est un précieux outil de compréhension.




  • Extrait
    Introduction
    Nicolas Glade & Angélique Stéphanou
    Le vivant discret et continu : dualité et complémentarité des modes de représentation en biologie théorique
    Chapitre 1
    Jacques Demongeot
    Des biomathématiques pour modéliser le vivant
    1] Introduction : panorama général des biomathématiques
    2] Des biomathématiques discrètes pour modéliser le vivant
    3] Des biomathématiques continues pour modéliser le vivant
    4] Perspectives
    5] Conclusion
    Chapitre 2
    Samuel Bernard
    Modélisation multi-échelles en biologie
    1] Introduction
    2] Du monoéchelle au multi-échelles en biologie
    3] Modèles basés sur les équations maîtresses
    4] Modélisation individu-centré
    5] Modèles hybrides continus-discrets
    6] Modèles EDP structurés
    7] Conclusion et discussion
    Chapitre 3
    Vitaly Volpert, Nikolay Bessonov, Nathalie Eymard, Alen Tosenberger
    Modèle multi-échelle de la dynamique cellulaire
    1] Introduction
    /> 2] Régulation intracellulaire et extracellulaire
    3] Mouvement du milieu
    4] Modèle multi-échelle
    5] Applications
    6] Discussion
    Chapitre 4
    Arnaud Chauvière, Haralampos Hatzikirou, Marco Tektonidis & Andreas Deutsch
    Introduction aux automates cellulaires de type « latticegas ». Application à la croissance in vitro des gliomes et à l’identification de leurs mécanismes d’invasion
    1] Introduction et objectifs du cours
    2] Généralités sur les automates cellulaires de type « lattice-gas »
    3] Modélisation de la croissance in vitro des gliomes
    Chapitre 5
    Emmanuel Promayon
    Modéliser les cellules comme des objets déformables 3D couplant biomécanique et chimie
    1] Introduction
    2] Modélisation
    3] Simulations
    4] Conclusion
    Chapitre 6
    Pascal Ballet, Alain Pothet, Gradimir Misevic, Anne Jeannin-Girardon, Alexandra Fronville, Vincent Rodin
    Une approche multi-agent pour la simulation en biologie cellulaire
    1] Introduction
    2] Historique
    3] Le défit de l’interdisciplinarité
    4] Modèle informatique
    5] Exemples d’application
    6] Enseignement et simulation individu-centré
    7] Conclusion
    Chapitre 7
    Julien Berro
    Approches individus-centrées pour l’étude du cytosquelette
    1] Introduction
    2] Le cytosquelette est un auto-assemblage de biopolymères
    3] Dynamique des filaments isolés
    4] Organisation collective de filaments et production de forces
    5] Organisation de structures intracellulaires
    6] Conclusion
    Chapitre 8
    Stéphanie Portet
    Assemblage in vitro des filaments intermédiaires
    1] Introduction
    2] Méthode
    3] Résultats
    4] Conclusion
    5] Annexe : Dérivations des ki,j
    Chapitre 9
    Hugues Berry
    Modélisation de la diffusion-réaction dans les milieux intracellulaires encombrés
    1] Le mouvement passif des macromolécules dans la cellule
    2] Modéliser la sous-diffusion anormale
    3] Conclusion : Sous-diffusion discrète, continue voire hybride
    Chapitre 10
    Patrick Amar
    Étude comparée de quelques méthodes de simulation de réactions biochimiques
    1] Modélisation continue à équations différentielles
    2] Modélisation discrète
    3] Le simulateur HSIM
    4] Oscillations et horloges biologiques
    Chapitre 11
    S. Randall Thomas
    Modélisation en physiologie
    1] Introduction
    2] Principes de base de biophysique et de thermodynamique
    3] Régulation à long terme de la pression artérielle : modèles physiologiques multi-organe, multi-échelle
    4] Fonction rénale et homéostasie
    5] Annexe
    Chapitre 12
    Pierre Baconnier
    Fractales, chaos et complexité en physiologie. À propos de la physiologie de la respiration chez les mammifères
    Préambule
    1] Introduction
    2] Morphologie de l’arbre trachéo-bronchique et géométrie fractale
    3] Oscillateurs respiratoires et chaos
    4] Systèmes complexes et physiologie
    Conclusion
    Chapitre 13
    Éric Fanchon
    La vie, les machines, l’information et les systèmes dynamiques
    1] Introduction : The language of God et The Book of Life…
    2] Gènes, séquences, information génétique
    3] Concept d’information, théorie de l’information
    4] Schrödinger : stochasticité et ordre biologique
    5] Notion de programme et déterminisme génétique
    6] Complexité et mesures de complexité
    7] Le vivant et la machine
    8] La fonction biologique
    9] Modéliser la dynamique des systèmes vivants
    Chapitre 14
    Sylvain Lespinats
    Le fléau de la dimension en biologie théorique
    1] Les métriques
    2] Dimension de l’espace et dimension intrinsèque des données
    3] Le fléau de la dimension
    4] Réduction de la dimension et analyse visuelle des données
    Auteurs & résumés/abstracts




  • Table des matières
    Introduction
    Partie I
    Chapitre 1 / Ulrich Trölher: Surmonter l’ignorance thérapeutique : Un voyage à travers trois siècles
    Chapitre 2 / Hee-Jin Han: Pierre-Jean-Georges Cabanis et l’exigence de l’empirisme en médecine
    Chapitre 3 / Alfredo Morabia: La convergence historique de l’épidémiologie et de la médecine clinique, de Pierre Louis à l’AMBRE
    Partie II
    Chapitre 4 / Alain Leplège: Mathématisation de l’incertitude en médecine. Aspects épistémologiques et méta-éthique
    Chapitre 5 / Jean-Paul Amann: La philosophie de l’essai clinique selon Austin Bradford Hill
    Chapitre 6 / Zbigniew Szawarski: Le concept de placebo
    Chapitre 7 / Claude Debru: La classification des leucémies lymphoïdes chroniques : évolution et problèmes d’une approche scientifique
    Partie III
    Chapitre 8 / Iain Chalmers , Larry V. Hedges & Harris Cooper: Une brève histoire des synthèses de la recherche
    Chapitre 9 / Jeanne Daly: Chercheurs d’or : médecine « evidence based » et science de la clinique
    Partie IV
    Chapitre 10 / Élodie Giroux: Les modèles de risque en médecine : quelles conséquences pour la définition des normes et pour le jugement clinique ? Exemple du calcul du risque cardiovasculaire
    Chapitre 11 / Pierre Corvol: La génétique de l’hypertension artérielle et ses limites
    Chapitre 12 / Olivier Steichen: La médecine factuelle et les rapports de cas
    Chapitre 13 / Christian Brun-Buisson: Playdoyer pou l’EBM, ou comment nier les évidences.
    Les contributeurs
    Index des noms




  • Table des matières
    Préface de Girolamo Ramunni
    Introduction. La culture scientifique et technique et le cinéma : une longue histoire
    Chapitre 1. Définitions : culture, sciences, techniques, cinéma
    Chapitre 2. La culture scientifique et technique ou composantes scientifiques et techniques de la culture
    Chapitre 3. La vulgarisation scientifique
    Chapitre 4. Un problème de représentation
    Chapitre 5. Les différents vecteurs de diffusion des composantes scientifiques et techniques
    Chapitre 6. Le cinéma comme vecteur de diffusion dominant
    Chapitre 7. Institution télévisuelle et institution scientifique, une lutte de pouvoir symbolique
    Chapitre 8. Les web TV destinées à l’information scientifique et technique, un domaine encore inexploré
    Chapitre 9. Cinéma à composantes scientifiques et propagande
    Conclusion. L’image d’une calebasse n’a pas le goût de la bière de mil

  • Biological Warfare : Another French Connection, is the first book to summarize the history of France's biological warfare programs. Highlighting the complex and always secret conceptual genesis of the notion of biological warfare in France, Etienne Aucouturier shows that the contemporary institutional separation between chemical and biological weapons converges in reality on the same project, that of providing armies with the capability to selectively target living organisms or physiology by means of surgical strikes that use poisons or pathogens.

    From the invention of microbial aerosols before the First World War, to the last chemical weapons tests in the Algerian desert in the 1970s, the book documents the scientific and technical research conducted to achieve this military capability. It reports on the constant interaction between the military and civil biomedical research spheres in France during the 20th century, while at the same time retracing the history of the debates between politicians, soldiers and scientists on the subject of biological warfare, and reveals how this important aspect of the military strategy of the last three French Republics was discussed at the highest levels of state, scientific and military hierarchies. Drawing on a large number of archival documents that have subsequently become difficult to consult, Aucouturier demonstrates the way in which these secret interactions gave rise to a sort of covert agreement between France's biomedical institutions and its military strategists.
    By reversing the order of current analysis - which dissociates, in principle, chemical and biological weapons - and focusing on the military's goal of selectively targeting the living, the book also provides a dynamic and historically justified conceptual framework that permits the reader to consider, and to fear, the possible future forms that biological warfare may take.

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